โรงเรียนเซนต์ราฟาแอล  เดิมชื่อ  โรงเรียนราฟาแอล  เป็นโรงเรียนสามัญศึกษา  ของมิสซังโรมันคาทอลิกกรุงเทพฯ   สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน  ได้จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติโรงเรียนราษฎร์ เมื่อวันที่ ๓๐ พฤษภาคม  พ.ศ. ๒๔๘๙  ตั้งอยู่บนเนื้อที่  ๑๖  ไร่  ๒  งาน  ๘๔  ตารางวา เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับเตรียมอนุบาลถึงระดับมัธยมศึกษา          ปีที่  ๓  

            ปรัชญา พัฒนาความเป็นมนุษย์ที่ครบครันตามหลักธรรมคริสตศาสนา  

            คติพจน์ / อัตลักษณ์ รักและรับใช้  

            เอกลักษณ์ เซนต์ราฟาแอลสร้างคนดี ด้วยหลักธรรมคริสตศาสนา

             คำขวัญ เธอและฉันเป็นส่วนหนึ่งของโรงเรียนนี้ เรามาช่วยกันสร้างสรรค์ให้เจริญก้าวหน้า

             ประวัติโดยสังเขปมีดังนี้

พ.ศ. 2489 – 2498

   วันที่ ๓๐ พฤษภาคม  พ.ศ. ๒๔๘๙  พระสังฆราชเรอเน  แปร์โรส เป็นเจ้าของ นายสุคนธ์  นานาศิลป์ เป็นผู้จัดการ   นางทองแถม  ระงับพิษ   เป็นครูใหญ่   

 วันที่ ๒๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๔๘๙ นายสวัสดิ์ ครุถาวร  ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ 

พ.ศ. ๒๔๙๑ พระสังฆราชเรอเน แปร์โรส โอนกิจการของโรงเรียนให้บาทหลวงยออากิม ซึ่งดำรงตำแหน่ง       เจ้าอาวาสวัดปากน้ำ  (วัดอัครเทวดาราฟาแอล) นายประสาท  เกียรติพิริยะ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่

พ.ศ. ๒๔๙๔ บาทหลวงมณี กิจเจริญ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ แต่งตั้งนายประสิทธิ์ กิจเจริญ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่

พ.ศ. ๒๔๙๘ นายสำเนียง ศรีเจริญ ดำรงตำแหน่งเจ้าของ-ผู้จัดการ   

วันที่ ๑ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๙๘ แต่งตั้งนายสุคนธ์   นานาศิลป์ เป็นเจ้าของ  นายสำเนียง ศรีเจริญ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ นายปรีชา  ทุมกานนท์ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่   ซ่อมแซมอาคารเรียน โดยเปลี่ยนหลังคามุงด้วยสังกะสี พร้อมสร้างโรงอาห

พ.ศ. 2505 – 2520

พ.ศ. ๒๕๐๕ บาทหลวงบัณฑิต ปรีชาวุฒิ ดำรงตำแหน่งเจ้าของและผู้จัดการ

พ.ศ. ๒๕๐๖ นายพีระ    มังกร  เป็นผู้จัดการแทนบาทหลวงบัณฑิต  ปรีชาวุฒิ  ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดกาลาหว่าร์ 

พ.ศ.  ๒๕๐๗   นายจรัญ  สินเฮง  เป็นผู้จัดการ   ต่อมาในวันที่ ๑   พฤศจิกายน   พ.ศ. ๒๕๐๗    ได้แต่งตั้งนายจำนงค์    เรืองฤทธิ์  เป็นผู้จัดการ  

พ.ศ. ๒๕๐๙ นายณรงค์ ปั้นทองและนายจุรินทร์ สุขสุเดช ดำรงตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่

พ.ศ. ๒๕๑๐ นายเอี่ยม สิริสุนทรารมณ์ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่ 

พ.ศ. ๒๕๑๑ ซิสเตอร์เช็งซิม  รุจิพงศ์ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ นายประสาน สิทธิประเสริฐ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่

พ.ศ. ๒๕๑๔ ซิสเตอร์บุญเริ่ม ประเสริฐ เป็นผู้จัดการ นายวิเศษณ์ ศรีสุข   ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ วันที่ ๑ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๑๔ แต่งตั้งซิสเตอร์วันทา ไชยยงค์ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ

พ.ศ. ๒๕๑๕ แต่งตั้งซิสเตอร์พวงน้อย  ตรีมรรคา ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ 

พ.ศ. ๒๕๑๖ นายอำพล ใจขาน    ดำรงตำแหน่งครูใหญ่

พ.ศ. ๒๕๑๗ นายทำเนียบ น้อยนาเวศ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่   วันที่ ๑ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๑๗ แต่งตั้งซิสเตอร์  มารีอัน   ฉายาเจริญ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ

พ.ศ. ๒๕๑๙ แต่งตั้งนายเอกชัย เอื้อเฟื้อ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ขออนุญาตก่อสร้างและต่อเติมอาคารเรียน จากอาคารเรียนเรือนไม้ ๒ ชั้น เป็น 3 ชั้น อาคารใหม่สร้างเป็นไม้ทั้งหมด

พ.ศ. ๒๕๒๐ เริ่มก่อสร้างวันที่ ๑ เมษายน ๒๕๒๐ ถึง ๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๒๐

พ.ศ. 2521 – 2530

ปีการศึกษา ๒๕๒๑ ซิสเตอร์มารีอัน ฉายาเจริญ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่   ขออนุญาตใช้อาคารประกอบศาสนพิธี  เป็นอาคารเรียนชั่วคราว ชั้นอนุบาล ๒ ห้องเรียน ขออนุญาตรื้ออาคารเรียนหลังที่ ๑   คือห้องเรียนที่อยู่ชั้นล่าง  ของบ้านพักเจ้าอาวาส

ปีการศึกษา ๒๕๒๒ บาทหลวงบัณฑิต ปรีชาวุฒิ เจ้าของโรงเรียนราฟาแอล ได้โอนกิจการให้กับมิสซังโรมันคาทอลิก กรุงเทพฯ มุขนายกมีชัย กิจบุญชู เป็นผู้ลงนามแทน ขออนุญาตขยายชั้นเรียน ตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่  ๑      ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓  ตามใบอนุญาตเลขที่ ๒๙๑/๒๕๒๒  เมื่อวันที่ ๒๖ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๒๓

ปีการศึกษา ๒๕๒๓ บาทหลวงทวีศักดิ์ กิจเจริญ ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต  ซิสเตอร์จันทนา    สิริจันทนากูล ดำรงตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่  

ปีการศึกษา ๒๕๒๕ บาทหลวงวิชัย บุญเผ่า ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาตซิสเตอร์สดับ   พงศ์ศิริพัฒน์  ดำรงตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่

ปีการศึกษา ๒๕๒๖ บาทหลวงวิจิตร ลิขิตธรรม ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต ซิสเตอร์สาลี่ ดำริ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่

ปีการศึกษา ๒๕๒๗ ได้รับรองวิทยฐานะเทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาล เมื่อวันที่  ๓๐ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๒๗      บาทหลวงธีรวัฒน์ เสนางค์นาถ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ

ปีการศึกษา ๒๕๒๘ บาทหลวงทวีศักดิ์ กิจเจริญ ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต บาทหลวงปรีชา     รุจิพงศ์ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ

ปีการศึกษา ๒๕๓๐ ได้รับเกียรติบัตรเป็นโรงเรียนผู้นำการใช้หลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น รุ่นที่ ๓ จากกลุ่มโรงเรียนมัธยมศึกษาตอนต้น จังหวัดสมุทรปราการ

พ.ศ. 2532 – 2546

ปีการศึกษา ๒๕๓๒ บาทหลวงอดุลย์ คูรัตน์ ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต บาทหลวงประทีป     สุทธินาวิน ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ   ซิสเตอร์มาลีรัตน์ บุญอนันตบุตร ดำรงตำแหน่งครูใหญ่

ปีการศึกษา ๒๕๓๓ ซิสเตอร์ดรุณี ศรีประมงค์ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ขออนุญาตเปลี่ยนแปลงเครื่องแบบนักเรียนระดับก่อนประถมศึกษา   โดยเปลี่ยนกางเกงและกระโปรงเป็นสีแดง ส่วนเสื้อเหมือนเดิม

ปีการศึกษา ๒๕๓๗ – ๒๕๔๐  บาทหลวงวิศิษฎ์ หริพงศ์ ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการ ซิสเตอร์พัชรา นันทจินดา ดำรงตำแหน่งครูใหญ่  ดำเนินการปรับปรุงอาคารเรียน ทาสี จัดให้มีห้อง SOUND LAP        ฝึกทักษะทางภาษา เปิดสอนวิชา COMPUTER จัดซื้อเครื่องเล่นให้เพียงพอและเหมาะสม  ปรับปรุงห้องสมุด ติดเครื่องปรับอากาศ ปรับปรุงลานหน้าวัด  อัครเทวดาราฟาแอล ปรับปรุงอาคารเรียน ทาสีใหม่  

ปีการศึกษา ๒๕๔๑ บาทหลวงปิยะชาติ มะกรครรภ์ ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต บาทหลวงสุรนันท์ กวยมงคล ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ ปรับปรุงอาคารเรียน ทาสีภายในและภายนอก ติดตั้งเครื่องปรับอากาศห้องพักครูทุกห้องและห้องปฏิบัติการทางวิทยาศาสตร์ ตกแต่งห้องผู้จัดการ ปรับปรุงโรงอาหาร โดยการติดฝ้าป้องกันความร้อน ติดตั้งเครื่องทำน้ำเย็น  ปูกระเบื้องห้องน้ำครูและนักเรียนใหม่

ปีการศึกษา ๒๕๔๒ ปรับปรุงระบบเสียงภายในโรงเรียน จัดตั้งวงดุริยางค์ของโรงเรียน ชื่อว่า RAPHAEL SYMPHONIC BAND เข้าประกวดวงโยธวาทิตนักเรียนแห่งประเทศไทย ชิงถ้วยพระราชฯ ณ สนามศุภชลาศัย ได้รับรางวัล เหรียญเงิน

ปีการศึกษา ๒๕๔๓ ได้รับการรับรองมาตรฐานคุณภาพการศึกษา ระดับก่อนประถมศึกษาถึงมัธยมศึกษาตอนต้น    ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๔๓-๒๕๔๗

ปีการศึกษา ๒๕๔๔ บาทหลวงปิยะชาติ    มะกรครรภ์ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการ ซิสเตอร์อรวรรณ จันทร์ชลอ   ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ปรับปรุงทาสีอาคารเรียนใหม่ ซ่อมแซมระเบียงอาคารเรียนระดับก่อนประถมศึกษา สร้างห้องน้ำนักเรียนชายเพิ่ม  ปรับปรุงห้องน้ำนักเรียนหญิง ติดตั้งเครื่องกรองน้ำ จัดให้มีวงอังกะลุงในระดับก่อนประถมศึกษา

ปีการศึกษา ๒๕๔๕ – ๒๕๕๗  บาทหลวงปรีชา รุจิพงศ์   ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการ  สร้างอาคารชั้นเดียว (อาคารปรีชาญาณ)  เป็นห้องเรียนระดับมัธยมศึกษา  สร้างอาคารชั้นเดียว(บ้านความรู้) เพื่อใช้เป็นห้องสมุด  ปรับปรุงขยายโรงอาหาร  จัดทำห้อง COMPUTER  ห้อง SOUND LAB

ปีการศึกษา  ๒๕๔๖ โรงเรียนได้รับการรับรองมาตรฐานคุณภาพการศึกษาจากสำนักงานคณะกรรมการมาตรฐานการศึกษา  ( สมศ)  ระดับก่อนประถมศึกษาถึงมัธยมศึกษาตอนต้น ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๔๖-๒๕๕๐ อีกทั้งได้รับรางวัลโรงอาหารดีเด่นเหรียญทอง  

พ.ศ. 2548 – 2562

ปีการศึกษา  ๒๕๔๘ – ๒๕๔๙  บาทหลวงปรีชา รุจิพงศ์ ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการ  ซิสเตอร์จารุณี  กิจบำรุง  ดำรงตำแหน่งครูใหญ่  ทำการติดตั้งหลังคากันแดดบริเวณสนาม  ปูพื้นสนามอนุบาล 

 ปีการศึกษา  ๒๕๕๐   บาทหลวงสราวุธ   อมรดิษฐ์   ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการ  ได้ดำเนินการปรับปรุงอาคารเรียน ซ่อมบำรุงทาสีอาคารเรียน  ติดตั้งระบบไฟฟ้าใหม่ทั้งระบบในโรงเรียนเซนต์ราฟาแอล    ติดตั้งระบบอินเตอร์เน็ต  สำหรับการบริการคณะครูและนักเรียนศึกษาค้นคว้าเพิ่มเติม  

 ปีการศึกษา  ๒๕๕๑  บาทหลวงวิทยา  ลัดลอย  ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการ   ได้ทำการอนุญาตเพิ่มเนื้อที่โรงเรียนจาก ๑๓ ไร่ ๗๐ ตารางวา เป็นเนื้อที่ ๑๖ ไร่ ๒ งาน ๘๔ ตารางวา ทำการรื้อถอนอาคารเรียนยอแซฟ  และก่อสร้างอาคารเรียน  ๖  ชั้น 

ปีการศึกษา  ๒๕๕๒ – ๒๕๕๔ ทำการเปิดใช้อาคารเรียนคอนกรีตเสริมเหล็ก ๖ ชั้น สำหรับนักเรียน             ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ – มัธยมศึกษาปีที่ ๓  

ปีการศึกษา ๒๕๕๕  บาทหลวงวิทยา  ลัดลอย ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต  และ ซิสเตอร์ประสานศรี  วงค์สวัสดิ์ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการและผู้อำนวยการ

ปีการศึกษา  ๒๕๕๕   ได้ทำการขออนุญาตรื้อถอนอาคารไม้  ๒  ชั้น  และอาคารคอนกรีตเสริมเหล็กจำนวน  ๓  หลัง  และปรับปรุงและทาสีอาคารมารีอา  ๓  ชั้น 

ปีการศึกษา  ๒๕๕๖ – ๒๕๕๙   บาทหลวงประทีป  กีรติพงศ์  ดำรงตำแหน่งผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต   สำนักมิสซังโรมันคาทอลิกกรุงเทพฯ  โดยพระคาร์ดินัล ฟรังซิสเซเวียร์    เกรียงศักดิ์  โกวิทวาณิช  เจ้าของโรงเรียน        ได้อนุมัติให้มีการก่อสร้างอาคารเรียน “โทบียาห์”  ใช้สำหรับนักเรียนระดับเตรียมอนุบาลถึงอนุบาลปีที่ ๓  เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก  ๔  ชั้น 

ปีการศึกษา  ๒๕๖๐    บาทหลวงสุพจน์   ฤกษ์สุจริต   ดำรงตำแหน่ง  ผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต

ปีการศึกษา    ๒๕๖๑  ซิสเตอร์วราภรณ์  ชีวเรืองโรจน์  ดำรงตำแหน่ง  ผู้จัดการและผู้อำนวยการ ได้มีการนำ ระบบ “บริหารเวลาการเข้าออกโรงเรียนของนักเรียน”  พัฒนาระบบอินเตอร์ของโรงเรียนและติดตั้ง  Smart TV ขนาด  ๕๐  นิ้วทุกห้องเรียน  ริเริ่มโครงการโรงเรียนธนาคารร่วมกับธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร (ธกส) และปรับปรุงภูมิทัศน์ของโรงเรียนให้สวยงาม

ปีการศึกษา  ๒๕๖๒  ซิสเตอร์กาญจนา  สิงห์สา  ตำแหน่งผู้จัดการและผู้อำนวยการ